Hondens arkitektur definieras av dess ikoniska Nagare-zukuri (flödande) stil, med ett asymmetriskt, böjt tak som sträcker sig framåt för att skydda den heliga verandan. Dess vittrade tak av cypressbark och sammanlänkande träfogar demonstrerar gammalt japanskt hantverk, utformat för att skydda den interna triaden av helgedomar utan att använda en enda spik.