Jodo-in grundades i slutet av 1400-talet (Muromachiperioden) för att återuppliva templet efter perioder av nedgång, och blev munkarnas primära bostad. Det inrymmer flera viktiga kulturella egendomar, inklusive Shoin (salongen), som visar upp raffinerad arkitektur från övergångsperioden mellan Momoyama- och Edo-eran.