Inuti Stora Buddha-hallen finns flera detaljerade skalenliga modeller utställda som visar utvecklingen av Todai-ji-komplexet genom olika historiska epoker: Nara-, Kamakura- och Edo-perioderna. De här modellerna illustrerar hur templets storlek och utformning förändrades under århundradena på grund av bränder och rekonstruktioner. En höjdpunkt i utställningarna är rekonstruktionen av de massiva tvillingpagoderna med sju våningar, som ursprungligen var över 100 meter höga. Även om dessa pagoder inte längre står idag, ger modellerna en sällsynt inblick i tempelområdets ursprungliga skala, som en gång var ännu mer omfattande och imponerande än den nuvarande strukturen.